Gioan sinh tại Almodóvar del Campo trong một gia đình Công giáo giàu có và đạo đức, tuy rằng họ có nguồn gốc Do Thái giáo[1][2]. Năm 14 tuổi, Gioan được gửi đến học tại Đại học Salamanca chuyên ngành pháp luật, nhưng chỉ một năm thì quay về nhà cha mình. Tại đây, Gioan đã dành ba năm thực hành lòng đạo đức và khắc khổ. Dịp kia, một tu sĩ Dòng Phanxicô có lời khuyên ông nên nghiên cứu triết học và thần học tại Alcalá de Henares, tại đây ông may mắn được theo học nhà thần học nổi tiếng là Domingo de Soto. Khi đang nghiên cứu thì cha mẹ ông qua đời nên sau khi được truyền chức linh mục, ông đã cử hành Thánh Lễ mở tay tại nhà thờ nơi mà họ được an táng, bán hết tài sản của gia đình để giúp người nghèo.

Sau đó, Gioan dự định làm công cuộc truyền giáo ra nước ngoài, cụ thể là đi México[3]. Năm 1527, khi đang ở Sevilla để tìm kiếm cơ hội thuận lợi cho dự định của mình, sự nhiệt tâm của ông trong khi cử hành Thánh Lễ đã thu hút sự chú ý của một linh mục tên là Hernando de Contreras. Linh mục này giới thiệu Gioan với tổng Giám mục Don Alonso Manrique de Lara. Tổng Giám mục nhận thấy nhà truyền giáo trẻ này là người mạnh mẽ, có thể khuấy động đức tin ở Andalusia nên ông đã thuyết phục Gioan từ bỏ hành trình đến châu Mỹ.